Les Contrats Territoriaux Milieux Aquatiques (CTMA) sont des outils développés par les Agences de l’Eau, dont le but est d’établir sur plusieurs années un programme d’actions et de financement en faveur des milieux aquatiques. Les agences de l'eau accompagnent les maîtres d'ouvrage qui s'engagent dans un contrat territorial en faveur des milieux aquatiques. Elle finance les animateurs de ces contrats, techniciens de rivière et de zones humides et apporte un appui pour animer les réseaux d'acteurs dans le cadre de partenariats.Les CTMA sont coordonnés par les Syndicats de rivières.
Vienne Nature propose la mise en œuvre d’action de connaissances, de suivis standardisés, d’accompagnement de travaux de restauration pour la prise en compte d’espèces patrimoniales et enfin d’action d’inventaires et de caractérisation des zones humides et milieux associés.
Vienne Nature s'engage auprès des CTMA Gartempe-Creuse, Clain Aval, Clain Sud,Vallée de la Dive et Vienne Aval. Deux actions phares sont mises en place :